治疗子宫内膜异位症原则上根据病人年龄、症状、病变部位与范围和对生育要求等不同情况，采取非手术或手术疗法。症状和病变严重又无生育要求者，可做根治性手术，将子宫切除；有生育要求症状较轻的病人，可先进行激素治疗；若病变较重，可在保留生育功能的基础上实施保守手术。
    1．性激素疗法：抑制排卵、缓解症状，使异位子宫内膜萎缩退化，但肝功能异常者忌用性激素疗法。
    (1)假孕疗法：长期口服大量高效孕激素，并辅以小量雌激素防止出血以造成类似妊娠的闭经，称为假孕疗法。方法是每日口服18甲基炔诺酮0.3毫克和炔雌醇O.03毫克，连续6～12个月，造成闭经。出现突破性出血时，可将药量增倍。需注意，避孕药内的雌激素可刺激子宫肌瘤长大，故有肌瘤者慎用。
    (2)假绝经疗法：达那唑(具有轻度雄激素作用)每日口服400毫克，从月经第一日开始，持续服药6个月。若症状不缓解或不出现闭经，可加大剂量，每日600~800毫克。偶尔有肝功过高者，宜及时停药并给予保肝治疗。
    (3)高效孕激素疗法：每日口服安宫黄体酮20～30毫克，连用6个月，或每两周肌内注射乙酸孕酮250毫克，共3个月后改为每月肌内注射250毫克，共3～6个月。若出现突破性出血，可临时每日加服乙烯雌酚0．25毫克或O．5毫克。用药期间亦应定期检查肝功。
    (4)雄激素：甲基睾丸素5毫克每日舌下含服，连续3～6个月，可缓解症状，不抑制排卵。
    (5)内美通(18一甲基三烯炔诺酮)：有较强的抗雌、孕激素作用。每次口服2．5毫克，每周两次连续6个月，于月经第一日开始。服用此药的特点是副反应轻，而且用药方便。
    (6)促性腺激素释放激动剂：可导致卵巢分泌的性激素下降，出现暂时性绝经。长期用药可能引起骨质疏松。适用于更年期妇女，尤其是合并子宫肌瘤者.
    (7)米非司酮：为孕激素抑制剂，它可以使异位病灶萎缩。
长期低剂量应用效果好。用法为每日10毫克，于月经第一天开始服用，连续应用6个月。此药不良反应小。此方法目前尚在试用阶段。
    由于子宫内膜异位症常合并排卵功能障碍，造成不孕，对于有生育要求者，治疗期间可用人类绝经期促性腺激素或克罗米芬促排卵，以帮助受孕。
    2．手术疗法：手术至今仍然是治疗子宫内膜异位症的主要手段之一。适合于病情较重或疼痛严重而药物治疗无效者。
    (1)保留生育功能手术：在仅切除内膜异位病灶，保留子宫和双侧或一侧卵巢。适用于年轻有生育要求而药物治疗无效者，术后大约50％～60％能怀孕。但疼痛复发率较高。
    (2)保留卵巢功能手术：切除异位病灶的同时切除子宫，至少要保留部分卵巢。适用于已生育有子女者。能根治痛经，术后异位症复发的机会很少。
    (3)根治性手术：切除双侧附近及子宫和盆腔内所有内膜异位病灶。适用于更年期妇女。
    3．放射治疗：适于病情严重，手术有困难或不能耐受手术者，可用放射治疗破坏卵巢功能，使异位的内膜逐渐退化。