尖锐湿疣系病毒引起，目前还没有有特效的抗病毒药物，因此，易于复发。尖锐湿疣的治疗大多以去除疣状物，改善症状为主。
    1．C02激光：是常用的治疗尖锐湿疣的方法。它的特点是见效快，在治疗后，疣体当时即可脱落。对单发或少量多发湿疣，一般1次即可使疣体脱落。如疣体较大，激光治疗很容易复发。所以对多发或面积大的湿疣要做2～3次治疗，间隔时间一般为1周。此疗法的特点是对周围组织损伤程度小，使用准确、灵活。
    2．冷冻治疗：用冷冻的方法可使尖锐湿疣内结冰，形成组织局部的高度水肿，从而破坏疣体。冷冻治疗的最大好处是局部不留痕迹，治愈率约70％左右。适用于疣体不太大或不太广泛的病人。该方法病人比较痛苦，且复发率较高。可进行1~2次治疗，间隔时间为1周。
    3．电灼：用高频电力或电针烧灼。它的特点是操作简单，见效快。能直接切除和干燥疣体，治疗也较彻底。可用于任何尖锐湿疣的治疗，但是对施术者的技术要求较高，烧灼太过或不足都是有害的。由于电烧灼后皮肤表面愈合较缓慢，所以治疗后要注意预防感染。
    4．手术切除：尖锐湿疣一般不主张手术切除，因为手术治疗后，尖锐湿疣很容易复发，使治疗失败。但对带蒂的较大的疣体，如有的患者尖锐湿疣生长过于迅速，或大如菜花，其他方法治疗十分困难，可考虑手术治疗。为防止复发，术后配合其他治疗。
    5．微波治疗：它的原理是利用微波的高频振动，使疣体内部水分蒸发，坏死脱落。微波治疗的特点是，疣体破坏彻底，不易复发，但创面恢复较慢，容易继发感染。所以微波治疗特别适用于治疗疣体较大的、孤立、散在的尖锐湿疣。
    6．局部外用药物：10％～25％足叶草脂酊或0．5％足叶草毒素外用，每日两次，后者浓度低，局部刺激性小，吸收后中毒的可能性极少。该药是国外用于本病治疗的首选药，一般用一次可愈。缺点是对组织破坏性大，使用不当可引起局部溃疡；毒性也大，中毒后表现为恶心、肠梗阻、白细胞及血小板减少，心动过速、尿闭或少尿，故使用时必须谨慎，发现上述反应，应立即停药。本药有致畸作用，孕妇禁用。
    还可用3％肽丁胺霜外用每日两次，本药刺激性小，疗效较好，或用0．25％疱疹净软膏，每日两次，外涂。
    80％～90％三氯醋酸溶液，只涂于疣体上，涂后用滑石粉去除未发生反应的酸液。此药适用于小病灶。
    争光霉素、平阳霉素兑生理盐水，外涂患处，每周用药2～3次。
    7．抗病毒治疗：无环乌苷口服，每日5次，每次200毫克，或用其软膏外用α-干扰素每日注射300万单位，每周用药5天。或干扰素300万单位注入疣体基部，每周两次，连用2～3周。干扰素具有抗病毒、抗增殖的作用，主要副作用为流感样综合征，局部用药副作用较少且轻微。
    对已经治愈的患者，仍应定期仔细检查、防止复发。反复发作的尖锐湿疣，一定要注意有无癌变，需做组织病理学检查确定。孕妇患尖锐湿疣时应选用50％三氯醋酸溶液外用，激光治疗，冷冻治疗或外科手术治疗。
    中医学称尖锐湿疣为“千日疮”。认为它的形成系自身抵抗力差，或不洁性交，感染湿浊毒邪，使前后二阴局部潮湿，蕴久成毒所致。治疗主要是辨证论治，根据不同的症状，给予清热解毒、祛湿消疣的药物进行治疗。在服用汤药的同时可配合下列中药外洗。
    明矾、白藓皮、黄芩、板蓝根各30克，蛇床子、川椒、地肤子各20克，将上述药用纱布包，加水煎至1500毫升，滤渣，坐浴。本方适用于女性尖锐湿疣或男性尖锐湿疣范围广泛者。
    滑石30克、甘草5克、枯矾粉12克。共研细末，在熏洗后把粉撒在疣体上，以保持干燥。
    马齿苋60克、大青叶30克、明矾20克、丹皮20克，煎水先熏后洗，每日两次。
    薏苡仁、大青叶、板蓝根、牡蛎各30克，败酱草、夏枯草、赤芍各15克。水煎先熏后洗，每次15～20分钟，每日两次。