孕妇感染柯萨奇病毒A型者少见，但有报道，孕妇感染可致胎儿畸形，孕晚期感染可导致死胎。如果感染了柯萨奇病毒B型，可致先天性心脏病，尤以早孕期多发，并可同时伴有泌尿生殖道、心血管和消化道的畸形。柯萨奇病毒在孕妇中的感染率约为9%。埃可病毒感染对胎儿有何影响，目前尚无定论，但有孕晚期感染后可导致死胎的报道。

柯萨奇病毒A型感染对新生儿的影响不大，主要表现为胃肠炎。柯萨奇病毒B型感染新生儿后症状可轻可重，轻者仅为轻度发热，重者可出现心肌炎、脑膜脑炎、癫痫等。埃可病毒感染症状可因感染程度不同而有很大差异。轻者可无明显症状，严重者可出现脑膜炎、心肌炎、肺炎，甚至因肝坏死而导致死亡。